商标撤三申请流程和费用如下：

一、申请流程

提出申请：

申请人：可以是任何单位或个人，针对无正当理由连续三年不使用的注册商标，向商标局（现为国家知识产权局）提出撤销申请。

申请书：填写《撤销连续三年停止使用注册商标的申请书》，并书面说明商标“不使用的情况”。

提交证据：提交相关证据材料，如对被申请撤销商标的使用情况的调查报告等。

形式审查：商标局收到申请后，会对申请书和相关证据进行形式审查，确认申请手续是否齐备、填写是否正确等。形式审查通过后，会进入下一阶段。

通知提交证据：商标局向商标注册人发出《关于提供注册商标使用证据的通知》，要求其在规定时间内（通常为2个月）提交商标在指定三年期间内的实际使用证据。

实质审查：注册人需要在规定的时间内向商标局提交商标使用证据，这些证据应能证明商标在指定三年期间内有实际使用。在注册人提交使用证据后，商标局可能会组织听证，给予注册人解释和举证的机会。听证的具体安排和流程会根据实际情况而定。商标局对注册人提交的证据进行审查，核实商标是否确实存在连续三年不使用的情况。

做出决定：

经审查，商标局认为申请成立的，将做出撤销该注册商标的决定，并予以公告。

认为申请不成立的，将驳回申请，并通知申请人。

复审与司法救济：

复审：当事人对商标局做出的决定不服的，可以在收到决定之日起规定期限内向商标评审委员会申请复审。

司法救济：若当事人对商标评审委员会的决定仍不服，可以依法向人民法院提起诉讼。

二、申请费用

官方费用：商标撤三申请按类别收费，一个类别撤销商标费为500元。若商标注册人自行向商标局提交撤三申请，则需支付此费用。

代理费用：若委托商标代理机构办理撤三申请，除官方费用外，还需支付代理费用。代理费用根据代理机构的不同而有所差异，具体费用需与代理机构协商确定。

请注意，以上流程和费用可能因具体情况和商标局的政策调整而有所变化，建议在申请前详细咨询商标局或专业代理机构以获取最新信息。