在将甲公司注册的商标变更到乙公司的情况下，应办理的是商标转让手续，而非商标转移。商标转让是指商标权人依法将其注册商标转让给他人所有，由他人享有该商标的专用权。这是一个涉及法律权益和商业利益的正式交易过程。

以下是办理商标转让的主要步骤和注意事项：

一、主要步骤

确认商标价值：甲公司需要对本公司的注册商标进行估值，以确定合理的转让价格。

了解法律法规：双方应了解《中华人民共和国商标法》等相关法律法规，确保交易过程合法合规。

签订转让合同：甲公司和乙公司需要签订正式的商标转让合同，明确双方的权利和义务，包括商标的名称、标识、注册号、转让价格、支付方式、交付时间等具体条款。

提交申请：甲公司需向商标局提交商标转让申请，申请材料包括商标注册证书、转让合同、双方的身份证明等。

商标局审查：商标局将对申请材料进行审核，确认商标的合法性、有效性以及申请材料的真实性。

公告与异议：如果商标转让申请获得初步批准，将进入公告期。公告期内，任何人如对商标转让有异议，可以向商标局提出。

完成转让：公告期满且无异议，或异议被驳回后，甲公司和乙公司将完成商标转让手续，乙公司将成为该商标的合法所有者。

二、商标转让注意事项

确保合同合法有效：双方签订的转让合同应符合法律法规要求，并建议由专业律师进行审查。

遵守法律法规：在整个交易过程中，双方应严格遵守《商标法》等相关法律法规，防止违法行为。

及时跟进审查进展：双方应密切关注商标局的审查进展，如有需要可提前采取应对措施。

了解风险并准备应对：在交易前应充分了解可能存在的风险和问题，并做好应对准备，如咨询专业人士或机构以获取更多建议和指导。

综上所述，将甲公司注册的商标变更到乙公司应办理商标转让手续，并按照法定程序进行操作以确保交易的合法性和有效性。